Диалоги (май 2003 г.) - Гордон Александр (электронная книга txt) 📗
Какие белки должны быть, чтобы работали? Большие. Они должны содержать примерно 200 аминокислот. Следовательно, полинуклеотид должен содержать примерно 600 аминокислот – определённой последовательности. Давайте посчитаем, а сколько вообще может быть вариантов последовательности? Очень просто. Нуклеотидов всего четыре – 600 цепочек. Соответственно, число вариантов – четыре в шестисотой степени. Или два в тысяча двухсотой. Или десять в четырехсотой степени. Вот это число, вы о нём говорили, это число является круциальным. Вероятность, что соберётся какой-то определённый полинуклеотид – соответственно, единица, делённая на десять в сороковой. Число попыток за всё время существования Земли и во всех лужах – примерно десять в тридцатой. Вот сравните. Десять в тридцатой и десять в четырехсотой.
А.Г. Явное противоречие, не может быть такого.
Д.Ч. Просто помножим одно на другое, получим вероятность десять в минус 360-ой. Это число абсурдно мало. Соответственно, и число вариантов тоже мало. Никогда столько вариантов мы не переберём. Даже специальное название «гугол» введено.
Нужно сказать, что все остальные числа, которые есть в физике, они существенно отличаются от этого. Например, чисто атомов во всей Вселенной – порядка десять в пятидесятой – в пятидесятой! Вот в этом суть проблемы – десять в минус четырехсотой. Можно сделать этот показатель вдвое меньше, всё равно абсурд.
Как к этому относятся? По-разному. Химики (не все химики, естественно) считают, что можно собрать – они умеют собрать – полинуклеотид в заданной последовательности из трех, четырех, пяти. «Умеем из пяти, соберём двести». То есть, это качественное различие не осознаётся.
Математики: «Вероятность мала, ну и что? Жизнь уникальна, событие одно. К одному событию вероятность неприменима. Это случилось, живём, слава Богу, и…»
Биологи. Вот биологи чувствуют это. И приходят к выводу: Бог создал жизнь. Может ли быть здесь решение этой проблемы? Вот об этом и пойдёт речь.
Сразу должен предупредить, что речь пойдёт о дискуссионной проблеме. Мы с Ниной Михайловной (она сейчас, к сожалению, заболела, не смогла прийти) примерно тридцать лет тому назад занялись этой проблемой. И она сейчас на том же месте. Я сразу должен предупредить, что обычно учёные говорят о том, как «наука семимильными шагами движется вперёд», и это, естественно, так приятно. Но я буду говорить о том, как наука семимильными шагами топчется на месте. Но, тем не менее, решение возможно. Какое это решение и как можно представить себе, что такое «кодирует» и что такое «катализирует». Нужно задуматься, что такое «кодирует». В современной биосфере процесс кодирования хорошо изучен. Если можно, первую схему.
А.Г. Сейчас дадут.
Д.Ч. Схема проста. В ней главное – последовательность ДНК. С неё снимается реплика. Я уверен, что это не раз обсуждалось у вас, поэтому я кратко очень скажу. С неё снимается реплика, потом поступает транспортная РНК к системе адаптеров. Что такое адаптеры? Адаптеры – это самое интересное и важное место здесь. Адаптеры, их всего 64, это белки, которые умеют присоединять нужную кислоту к РНК, нагруженной нужным кодоном. Адаптеры знают алфавит – код. Сами они белки, сами они по той же схеме образуются.
Но вот после того как адаптеры нагрузили транспортную РНК, она подходит к рибосоме, к рибосоме же подходят мессенжер РНК. И там происходит трансляция, то есть по коду, последовательности нуклеотидов собирается последовательность белка. Вот что значит «кодирует». Приведу аналогию.
Вот завод. Как он работает? Нужно изготовить деталь. Есть чертёж, инструкция. В инструкции сказано, причём, на определённом языке сказано, где нужно дырочку просверлить, какую там форму сделать и так далее, потом всё это реализуется и получается деталь. Вот что такое «кодирует».
Говорят, что белки катализируют. Что такое «катализируют»? Это я лучше поясню чуть попозже, а перед этим давайте представим себе, как мог образоваться самый простой живой организм. Что он должен содержать? Во-первых, последовательность ДНК. Во-вторых, белок, который бы способствовал её редупликации. Такой организм из двух всего компонентов может размножаться, причём так, что последовательность при этом сохраняется. И может – но вопрос: а как белок действует? Это более-менее известно.
Белок (в данном случае, белок репликаза, тот самый, который способствует редупликации) представляет собою нечто вроде подковы или чехла, который обволакивает. Можно следующий слайд?
Вот здесь изображена простейшая схема простейшего организма или гиперцикла, как Ейген его назвал. В этом гиперцикле содержатся четыре нуклеотида и четыре белка. Нуклеотиды кодируют белки, а белки катализируют образование ДНК. В простейшем случае – их всего два. Один кодирует, а другой катализирует, но что катализирует? Репликацию катализирует. Следующий слайд, если можно.
Как это можно себе представить? Вот здесь это схематически изображено. Белок, он, как видите, как подкова. Он обволакивает ДНК. Затем, при изменении температуры РНК или при гидролизе АТФ он немножко деформируется, разрывает внутренние связи, и на эти связи налипают комплементарные нуклеотиды: к аденину присоединяется тимин, к гуанину – цитозин, и наоборот. Налипают в соответствии с определённым порядком и получаются две последовательности. Важно, что на самом деле сама последовательность – внутри ДНК, внутри спирали, а внешняя сторона спирали – это фосфатные группы, которые слабо отражают, но отражают всё-таки. Вот как он катализирует.
А теперь представим себе: а может ли образоваться в первичном белке репликаза без информации, по принципу «катализирует», а не «кодирует»? Может. Для этого допустим, вполне, так сказать, реалистично, что аминокислоты сперва адсорбируются на ДНК. Неважно, в какой последовательности, пусть образовалась случайная последовательность. Эта вероятность случайной последовательности – единица. Они налипают, так сказать, на это, образуют подкову. И после этого происходит замыкание связи, то есть уже образование полипептида. Такой слепок уже может обладать каталитическими свойствами. Как он образуется, по какому принципу? По принципу кодирования? Нет. Он образовывался по принципу гетерогенного катализа. То есть, форма была главной здесь. Форма ДНК.
А.Г. При этом не важно, какую информацию она несёт и отличается ли эта информация от шума.
Д.Ч. Да, была ли информация неценной.
Вот здесь немножко отступить хотелось бы и сказать, что проблема на самом деле – информационная. Под информацией я буду понимать далее по Кастлеру «запомненный выбор одного варианта из нескольких». Под ценной информацией – тот выбор, ту последовательность, которая способствует образованию белка, достижению цели. Ну а количество информации по Шеннону – это логарифм того самого числа, о котором мы говорили, числа вариантов.
По существу, вот с той самой проблемой – почему цифра так мала, – здесь можно провести аналогию с языком. Проблема та же. Например, можно задать вопрос: а как люди догадались, что есть алфавит и стали писать друг другу письма? Если варианты посчитаем, как расставить буквы, чтобы смысл получился, то даже в коротком письме: «Я вам пишу, чего же боле» получим те же самые величины. Десять в минус трехсотой. Так что здесь аналогия вполне прослеживается.
А.Г. Вначале был не алфавит, а слово. Тогда появление алфавита становится понятным.
Д.Ч. И здесь вопрос: а как появился всё-таки адаптер? Утверждение состоит в том, что адаптеры тоже могли появиться по принципу слепка. Но слепка уже не окружающего, а, так сказать, слепка со щели, где одна сторона чувствует детали структуры, где уже последовательность важна, а другая сторона чувствует нужную аминокислоту. Можно показать, что такое образование сильно ускорялось, упрощалось и так далее, и так далее. Тому есть сейчас просто экспериментальное основание, показано, что двойная спираль иногда тройной может быть и так далее. Я опускаю сейчас это. Важно вот что. Адаптеры тоже работают по принципу слепка. Здесь тоже можно провести аналогию с производством. Вот я сказал, как по инструкции делается. Там, в инструкции, информации много, и нужно знать язык. А можно сказать: «Вот вам деталь, бросьте её в глину, глина засохнет, получится слепок». А слепок – это уже штамп. Дальше штампуйте эту деталь.
